¿Te los vuelve a marcar como nuevos o los añade? De todos modos, no he visto ninguna opción. "No leídos" funciona como se espera, los artículos leídos desaparecen de ahí, aún con "Ocultar artículos leídos" desmarcado.
Uso 1.4.16b, que es la última estable. Prueba con la inestable (1.5.5) o mira si hay algún bug en este paquete en tu distribución.
De todos modos, di la dirección de un feed que te dé este problema y miro a ver si me pasa a mí también, puede ser problema del feed y no de liferea.