yo he flasheado liteon con el CK3 y en ningun momento he puesto el modo B, por lo tanto al menos estando desconectado funciona correctamente.
el lector tiene que estar conectado antes o casi al instante de encender el ordenador (yo siempre me espero un segundo despues de encender el ordenador. esto solo lo tienes que hacer cuando vayas a sacar la key o flashear, no para crear el pendrive.
que no te inicie msdos puede ser por 3 razones:
1. no hayas creado bien el pendride bootable
2. No hayas configurado bien el booteo en la bios
3. placa o pendrive no compatible (yo por ejemplo no soy capaz de hacer que inicie desde el pendrive y creo que es cosa de la placa)