Como te dice wannda, se utiliza a menudo para llevarte dinero de una cuenta a tu nombre en una entidad bancaria, a otra cuenta de tu titularidad en otro banco. El motivo suele ser ahorrarse comisiones, ya que si ingresas un cheque en tu cuenta expedido en la misma plaza, no hay comisión, mientras que en algunos bancos, te cobran comisión por transferencia.
Y por supuesto, no hay ningún problema en que el emisor y el perceptor sean la misma persona.