No tengo idea de lo que ocurra si "Recortas" el save de un juego en esta nueva version (kernel) de SC (osease que marque como corrupto o que este dañado por ejemplo) pero podrias "recortarlos a mano" con un editor hexagecimal que aunque es algo tardado (mas bien laborioso) podria quitarnos de dudas..
Como tip podrias ver el contenido del save y con ello "definir" el tamaño REAL del mismo y recortarlo en base a esos datos,,En cristiano recortalo en base a el tamaño del save Ej: 4KB,16,KB,128KB,etc y con ello reducirias dramaticamente su tamaño (si funcionaba en la version anterior)
P.D ahora mi SC solo la ocupo de complemento de mi flash slot1 pero probar no creo que sea problema..