Ya he descubierto el problema, aunque tengo todos los directorios bien creados, y sigo todos los pasos correctamente, comento un error, parcheo las roms con el M3 Game Manager pero lo hago en local en una carpeta del disco duro, hay que hacerlo directamente sobre la MicroSD para que copie en el directorio NDSSAVE un archivo *.dat como bien tu me comentabas Latas , mi error era que lo hacia en local y por lo tanto perdia este fichero por el camino.
Muchas Gracias Latas.