Me pasa exactamente el mismo problema.
Tengo M3 SD, con firmware e19 y game manager 3.15 beta.
Antes de hacerle el flashme a la DS, las roms de GBA funcionaban bien sin parchear, utilizando passkey.
Pero una vez hecho el flashme en la DS, no va ninguna rom de GBA, con o sin parchear, de ninguna manera.
He observado que si pongo mi M3 en mi antigua GBA SP, las roms funcionan perfectamente.
Por favor, sabe alguien cómo arreglar esto??