si es un mameox, coinops y tal, te generan un savegame y el .ini se guarda en e:/tdata/carpetalaquesea/system/
Yo lo que he hecho para encontrar el mio es ir al gestor de saves, buscar el save de mi mame (mameox128) y en la info del save te pone donde esta ubicado, es una carpeta cuyo nombre es 8 caracteres hexadecimales (del 0 al 9 y de la a a la f), por ejemplo 414d4a44. O sea seria e:/tdata/414d4a44/system/ (esto es solo un ejemplo).
En cuanto a reconocerte las roms, quizas no todas las roms que tienes estan en el romset del mame que estes utilizando.