Es bastante tipico tener problemas de audio si no usas el hdmi que es lo predeterminado.
Supongo que habrás probado pero vete a las opciones de retropie y en una de esas en sound o alguna cosa parecida "lo siento no recuerdo exactamente" te deja escoger entre 3.5 jack o hdmi el audio y le marcas el jack 3.5 guardas sales y listo. deberia funcionar, si sigue sin funcionar existia la posibilidad que desde linux, windows o lo que tengas para explorar los datos de la SD en un archivo editabas una config del audio a mano y ya está.
No se si te ayudé pero al menos que te sirva de guia.
PD: la recre chulisima, es una pena que os pegueis esos currazos y os gasteis el dinero en hacer cosas tan chulas para poner después palancas y botones chinos del todo a cien que son un truño, ponle material sanwa, seimitsu o IL , lo agradecerás, es como comprarse un ferrari y tener neumaticos Wanli ling long.