Tienes dos mandos sincronizados a la wii cuando estan conectados los micros? Lo digo porque, por lo menos, en el Guitar Hero World Tour, sino tienes mando para cada accesorio (micro,guitarra,bateria...) no lo reconoce, aunque estos esten conectados via usb.
No se si sera tu caso, o si ya lo has probado, pero como probar es gratis.
Suerte, y un saludo.