A mi me pasó exactamente lo mismo, pero no fué con el moonshell sino con el DSOrganize:
Procedimiento:
-------------------------
Puse una versión del firmware dentro de la microSD para saber cual era la que tenia.
Ejecuté el DSOrganize, intenté borrar unos archivos con el explorador de éste, en el DSOrganize me salia que los habia borrado, reinicié la consola (pasando por la pantalla de actualizacion de firmware) y cuando lo volví a ejecutar aún estaban los archivos ahi...
Volví a intentar borrarlos, también salió que los habia borrado, reinicié, se ejecuto lo del firmware, apagué y encendí y ya se quedó "calado".
Consecuencias:
-------------------------
En el SupercardLite se me quedaba en blanco y no respondia, tampoco ponia el mensaje de "No hay tarjeta SD".
Al ponerla en el PC Windows se quedaba en un bucle intentando leerla, hasta que no la sacaba no me respondia, entonces me decia: "inserte un disco en X:".
Remedio:
------------------------
Joderme y aguantarme hasta que se me ocurrió hacer un "chanchullo" en una tienda. No voy a decir cual...
El caso es que me quedé mosqueado con el DSOrganize...