Estooooo... ¿y desenchufarlo durante un tiempo -una tarde, un día, una semana...- para solucionar tu problema?
La idea es que compruebes cómo realmente afecta el HDD al usar el SSD. Tengo la sospecha que cuando crees que estás usando el SSD igual lo que usas es el HDD.
Saludos.
NOTA: Marcas y modelos, please.