Bueno, esto me pasó una vez, para solucionarlo en la Utilidad de discos selecciona el pendrive, luego vete a Particiones y en Esquema de volumen selecciona 1 partición, tras hacer esto ve a Opciones y elige el esquema de particiones Registro maestro de arranque (MBR). Seguramente estaba marcado Tabla de particiones (GUID), luego dale a Aplicar para que el pendrive sea formateado con el nuevo esquema de particiones.