Debes mirar lo siguiente, ojo porque lo que te pongo es de una máquina con Centos y a lo mejor en Ubuntu cambia algo:
Busca dentro /etc/httpd/conf.d que exista el archivo php.conf
Mira que dentro del archivo /etc/httpd/httpd.conf tengas un include tipo:
#
# Load config files from the config directory "/etc/httpd/conf.d".
#
Include conf.d/*.conf
Repito que esto es en Centos, en Ubuntu es probable que el directorio no se llame httpd y sea directamente apache.
Saludos