Veamos. El procedimiento es el siguiente. Primero con el manager 2.3 pasas la rom a la Cf en modo Normal. Luego, coges el archivo .dat que te crea el manager en la carpeta de salvadas de nds y lo quitas y lo guardas en el ordenador.
Arrancas el juego en la consola. te dara un error de tarejta de juego o algo asi. Apagas la consola y la vuelves a conectar, el M3 te dará el error de que no encuentra el archivo de salvada, pasas del error y vuelves a cargar el juego. Y ahora el juego arranca. Te metes en opciones, cambias algo y te dirá que salva la configuración. Salvas. Apagas la consola y coges tu tarjeta cf y la metes en el ordenador y guardas en la carpeta de salvadas el archivo .dat que guardastes antes en el ordenata.
Metes la cf en tu M3 , arrancas y ahora el m3 te salvará los datos sobre el archivo .dat que has guardado. Y ya puedes arrancar que ya funciona perfectamente.
Espero que lo haya explicado bien.
En cualquier caso, el merito de esto no es mio, es de alguien del foro oficial del M3. Yo lo lei, lo hice y me funcionó.