Ok..Primero el "CORE" es para actualizar el FIRMWARE (en caso que tengas una DSi con firmware 1.4)
El software "System for M3i Zero & M3DS Real" es lo que debes instalar en tu memoria (respeta el orden de los archivos)
El software "M3Sakura System and PC tools" tambien funciona y es una alternativa en caso que no te guste el software "basico" que tambien esta el "KAURA" pero ese tendras que buscarlo por tu cuenta..
Y como ultimo agregado los juegos NDS DEBEN ir en una carpeta NDS,Los juegos GBA* (Nes,GBc,SNS,etc) deben ir en la carpeta GBA (en caso de otras roms si no quieres cargarlos con los emuladores tradicionales..En querer usar los emuladores de manera tradicional (lameboy,nesds,etc) no importara donde los pongas..
*te recuerdo que NECESARIO tener la expancion GBA para esto en particular...