Si la que no te lee esta actualizada en tema de cIOS, el USB antes te lo leia y te lo sigue leyendo en la otra Wii, efectivamente, pinta a que se te han jodido los puertos USB.
Si fuera fallo tecnico de hardware, podria ser que se haya quemado algun condensador o parecido de los que controlan los puertos USB, los propios conectores, vete tu a saber, eso si eres bueno soldando y tal, puedes probar a soldarle tu unos nuevos, pero yo que tu, la llevaba a una tienda especializada a ver que te dicen.
¿No sera una Wii de segunda mano?, porque a lo mejor por eso mismo la vendieron, pero hasta que alguien mas no te diga algo mas, no la lleves.