Eso sucede porque el exploit tiene una función de protección que hace que la eprom usada sea virtual, por eso cualquier cambio que deberia guardarse en la eprom, solo dura hasta que reincias. Para poder dejarla en NTSC tienes que ir a la config del exploit y desactivar la eprom virtual, luego si quieres cuando hayas cambiado todo, la vuelves a activar, aunque no es muy necesario.
En el caso de que no tengas un acceso directo para la config del exploit, creo que se podia hacer modificando algun archivo .ini o .xml desde el pc, pero no estoy seguro.
Otra opción es instalar un explot mas moderno como NDure.
un saludo
