Elimina el actual llavero (hazle una copia primero por si acaso) y crea un llavero de inicio de sesión desde cero.
Sin datos anteriores, reinicia y vuelve a probar. ¿Se ha arreglado?
Si la respuesta es sí, traspásale los datos de contraseñas de webs del anterior llavero. Vuelve a reiniciar y verifica que todo vaya bien.
Si la respuesta es si, solucionado.
Si la respuesta es no, crea un segundo usuario administrador, entra con él y verifica que no te pide ninguna contraseña rara al utilizar Safari. Si no te la pide, el problema está en tu viejo usuario, por tanto, traspásale la información al nuevo (que te recomiendo dejes definitivo) y acaba eliminando el actual.
Si con esas no lo arreglas ya no sé qué más puedes hacer
Salu2