Cambia el tipo de autentificación.
El problema seguramente sea que no coinciden los usuarios de la máquina Windows con los de Linux, por lo que al crear un nuevo archivo en la carpeta compartida, el usuario windows no tiene permisos para acceder a él.
Ve al archivo de configuración de samba y sustiuye la línea "security = share" por:
security = user
username map = /etc/samba/smbusers
Este es el tipo de seguridad recomendado, en el que cada recurso tiene asignados determinados usuarios que pueden acceder a él. Cuando un usuario solicita una conexión a un recurso, samba lo autentifica validando el nombre de usuario y la contraseña frente a los usuarios autorizados en el achivo smbusers.
Ahora debes añadir tu usuario a samba. Abre un terminal y ejecuta:
sudo smbpasswd -a nombre_de_usuario
Añadelo al archivo de usuarios autorizados:
sudo gedit /etc/samba/smbusers
El formato de este archivo es:
usuario_linux = "usuario1" "usuario2"
usuario_linux es el usuario que acabas de crear, y "usuario1", "usuario2" ... son los usuarios a los que deseas dar acceso desde Windows.
Reinicia el servidor:
sudo /etc/init.d/samba restart
Y a correr