Tengo una grabadora y pc igual,( menos en el micro que tengo un 1400, y solo tengo un disco duro), y no tengo los problemas que mencionas
Intenta la combinacion de juanillo, o mejor aun.. conecta solo el disco duro de master en un ide, y la grabadora de master en el, otro ide, y asi te aseguras de donde puede venir el falllo