No uso el Thunderbird, pero a ver si con alguna de estas opciones lo consigues:
1) Poner como navegador predeterminado de GNOME el navegador que quieras usando /usr/bin/gnome-default-applications-properties. De esa forma, si el Thunderbird usa la configuración por defecto que tengas para GNOME abrirá el que le indiques ahí. Así es cómo funciona para Evolution.
2) Indicar en el entorno de escritorio que uses con qué navegador quieres manejar las URL's (no sé que entorno usas: KDE, GNOME, *box...). En KDE sería dentro del Konqueror -> Preferencias -> Configurar Konqueror -> Asociaciones de archivos. En GNOME: Panel de Control -> Document Handlers -> URL Handler. Tocando por ahí podrás asociar el navegador.
Si no, ya se miraría otras configuraciones.
Saludos.