Pero, el grub entonces lo tienes instalado en el MBR del HD?
Si es asi deberias instalar el grub en el pendrive y restaurar el gestor de arranque de windows (no me acuerdo como se hacias, creo que tenias que iniciar con el CD del XP y escribir un comando, aun que no se si podras hacerlo desde el propio windows, pero no me acuerdo ahora mismo de ese comando)