En mplayer, botón derecho sobre la pantalla del video->abrir->cargar subtítulos.
¡Saludos!
P.D: La verdad es que yo echo de menos el sistema de BSPlayer, que te los carga directamente todos los que tengas relacionados. Por ejemplo, yo tengo muchos videos así:
nombrevideo.avi
nombrevideo - spanish subs.srt
nombrevideo - english subs.srt
BSPlayer carga todos directamente. Aún no he encontrado la forma de hacerlo con ningún programa de Linux, aunque supongo que modificar el código para eso tampoco debe ser excesivamente difícil.