Aparecen los directorios para que localizes las roms. Según el emulador, puedes definir la carpeta por defecto, abrir la última usada o buscarla cada vez que lo abras.
Hay dos tipos de wads, los completos, que tienen el emulador, y los forwarders, que arrancan los instalados en el hbc.
Creo que tienes de los primeros. Los segundos dan menos problemas para configurarlos.
Para descargas, busca siempre en su página oficial (googlecode, github, gbatemp,...)
