Vale... pues si lo tenías tan sumamente engorrinado, posiblemente tengas librerias cascadas, borradas y en general el sistema hecho unos zorros.
Ante semejante "147 troyanos, 36 virus y 57 spyware" se impone un formateo completo, incluyendo en el proceso el borrado y creación de la partición de sistema. Es un coñazo, pero tus nervios lo agradeceran a la larga. Además, rara vez un antivirus es capaz de limpiar por completo un sistema ya infectado porque se pueden quedar en memoria mas de uno y mas de dos... y eso sin contar que algunos dañan de forma irremediable librerias del sistema, tienes el escenario completo para todos esos problemas.
Y ojo... nada mas instalar el S.O. metería un antivirus (como el Avast por ejemplo) antes de seguir instalando nada mas, porque si esperas a ponerlo al final puedes encontrarte con sorpresas desagradables