¿Con el chip desactivado te sucede lo mismo? Pruebalo, aunque todo parece indicar un fallo al flashear el chip.
Tambien pasa eso cuando tienes mal alineado el chip, pero hace el suficiente contacto para anular el arranque de la bios original. Por lo tanto no hace buen contacto con d0 y hace dos intentos y al tercero sale el led como comentaste.
intenta reflashear el chip. Un Saludo