Buenas,
En todo el tiempo que he tenido este flash cart no me ha surgido este problema pero se puede dar por varias circunstancias:
1- Si los juegos no permitian el multisave (tener varias partidas salvadas en el mismo juego) puede ser que la persona que tomara tu ds empezara una nueva partida y automaticamente se borran todos los datos de la anterior que tenias guardada.
2- Si el juego soportara el multisave, que la persona que tomara tu ds empezara una nueva partida en la partida que tu tenias guardada en vez de en otra libre.
3- Que simplemente se te hayan corrompido los datos de la microSD y al intentar leer el save no pudiera hacerlo correctamente y te haya creado otro vacio, o lo que es lo mismo, 40 horas de juego a la basura.
Entre estas 3 opciones, yo me decantaría por la tercera, ya que si dices que estas segura de que nadie ha borrado tus partidas, ya sea accidentalmente o a conciencia, es lo único que se me ocurre y lo más lógico.
Lo único que te recomiendo es que cada cierto tiempo hagas un backup de tus saves al pc para evitar problemas de este tipo, ya que la corrupción de datos no es tan extraña en estos dispositivos (me refiero a todos los flash cart) dado que la microSD estan continuamente siendo modificada, lo que puede provocar estos fallos.
Salu2