TRASTARO escribió:No has buscado muy bien que digamos, ¿verdad?
FILE>OPTIONS/Archivo/Opciones [Ctrl+P]

Nuevamente, puede ser problema del decodificador de audio que se esta usando, o no estas respetando la velocidad de cuadro del MKV original, lo cual desincroniza audio y video y el reproductor se ve forzado a resincronizar con lo que se notan esos micro-saltos.
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He buscado según tus indicaciones, y tal y como ya dije, mi menú es distinto.
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No obstante, hace escasos minutos he terminado de ver otra película y he comprobado que el problema podría provenir del propio VLC.
La película que he multiplexado hoy también sufría cortes de audio, y por probar, la he visto en el Windows Media Player, y ahí no he tenido ningún problema. No obstante, el soporte de WMP para subtítulos y pistas de audio da asco, así que no es demasiado agradable usarlo. Es la primera vez que tengo este problema con VLC, y me desconcierta.
Por ahora ya sabemos que MKV Merge está bien, pero el problema en realidad se ha desplazado a VLC, y es que desde luego, usar WMP no es una solución muy agradable. Ambas películas tienen sonido DTS, por cierto. ¿Alguna idea de dónde puede estar el problema?
Un saludo.