No les aftecta en nada, solo estarias instalando un ios faltante, no reemplazando alguno ya existente.
Ademas lo que mencionas funciona bajo otros ios, Backup loader y usb launcher utilizan ios249
Y el homebrew channel.. creo que bajo ios 36?
Lo importante es que, instalando la ultima version de el ios 53, podras jugar a todos los titulos de la consola virtual y WiiWare que hay a la fecha, sin que este afecte en nada a tu sistema.