Te explico como lo tengo yo.
Tengo la 3.3v1 y me va todo perfecto sin actualizar ni nada. Yo, por mi parte, si puedes arreglar el problema que tienes sin actualizar, te lo recomiendo. Contra menos cosas actualices o instales mejor que mejor, eso pienso yo por lo menos.
Si puedes instalar bootmii como boot2, no pasa nada si te dedicas a actualizar porque en el remoto caso de que tuvieras un brick, como dice Pajariyo, es muy dificil que le pase algo a la Wii mientras se actualiza, puedes restaurar la NAND, habiendo hecho una copia previamente, claro.
Para cargar los backups metele el cIOS 222 y utiliza el uLoader mejor.
Por lo que dices, entiendo que has tenido que instalar el cIOS de Wanin. No se que tal funciona ya que solo utilizo el uLoader pero lo recomendable es instalar la Rev.17, es la mas compatible, por el momento. Aunque en las ultimas versiones del Neogamma creo que ya se le ha dado soporte a la Rev.19, pero no estoy seguro.
Yo soy de los que piensan que si algo funciona bien, mejor no tocarlo o no tocarlo mucho, jeje.