Como dice episode96, es mejor tocar el /etc/portage/package.mask y meter dentro solo el paquete q está masked de la siguiente manera:
media-video/nvidia-kernel-1.0.6666 ~x86
Si no tienes el archivo (yo no lo tenia) crealo, y quita del make.conf la linea ACCEPT_KEYWORDS="~x86" por estabilidad y seguridad.
PD: Revisa tb el /usr/portage/profiles/package.mask ya q si el archivo a instalar está dentro de este archivo no habrá manera de instalarlo a no ser q lo quites (o mejor lo comentes con un # delante).