VIce, por si acaso te aviso.... si te instalas algun antivirus desde windows, y al hacer un scan ( q ya no suele ocurrir pero por si acaso) y te dice q el boot parece tener algun problema ( sin decirte q es un virus) y si quieres q te arregle el problema, dile q no.
Antiguamente el Panda antivirus si lo corrias en win98 resulta q si tenias el linux instalado el tio al mirar el boot del disco duro decia q habia un problema ( pq la entrada del lilo la detectaba como un problema) y si le decia q lo arreglase se cargaba esa entrada y te quedabas sin "teoricamente" poder arrancar el linux . (teoricamente entre comillas pq se puede arrancar, pero ahora no viene al caso)
saludos