Esos fallos son normales (aunque a mí eso exactamente no me haya pasado, aunque sí otras cosas de menor importancia), ten en cuenta que wine es bueno pero no es perfecto, así que siempre que se pueda, usa los programas nativos de linux, en este caso existen varios, yo te recomiendo como dije antes k9copy, hace casi todo lo que DVDShrink puede hacer, y te funcionará sin movidas raras (o eso se espera).
Saludos.