De casualidad no le hiciste un formato desde OS X?
Hace tiempo me paso algo similar y es que a pesar de que OS X sea compatible con el sistema de archivos FAT, te lo formatea de una forma distinta a como lo hace Windows ( si, en teoria no debe de existir formas distintas, FAT es FAT tanto en Linux, OS X, Windows o cualquier otro OS ) sin embargo no es asi o no se a que se deba que existan una diferencia en el formateo.
Me explico: Tengo una micro sd card de 4 gb, la cual la utilizo exclusivamente para mi NDS, por tanto el sistema de archivos que ocupa es FAT. Un dia se me ocurrio formatearla desde OS X, al hacerlo lo hizo perfectamente pero ya no podia formatearla desde Windows, me marcaba error de escritura y curiosamente la particion que me reconocia Windows en mi tarjeta era de tan solo 128 kb. Fui a la utilidad de discos que tiene Windows y observe que mi tarjeta estaba particionada en 2, y solo podia formatear una particion desde Windows ( la de 128 kb, el resto, estaba " bloqueada " ) y solo podia utilizarla desde OS X, sin embargo no me la reconocia la R4 de mi DS, para despues ya no podia ni formatearla desde OS X ni Windows.
La unica forma de volver a recuperar mi micro sd, fue formatearla desde una camara de fotografica
y asi pude hacer que volviera a su normalidad, y desde ahora en adelante prefiero formatear la memoria desde Windows y no desde OS X ( al menos la micro sd )
No se si sea tu caso, pero si por casualidad no puedes formatear tu pendrive desde OS X o Windows, busca algun dispositivo externo, como esas impresoras que les puedes conectar pendrive por USB y dale formato desde ella.