Hay muchas opciones y se puede poner como quieras prácticamente.
Lo primero, lo digo en inglés porque lo uso así:
Aspect ratio.
Esto pone el juego con franjas, como es originalmente 4:3, o 16:9, mejor si se activa widescreen (panorámico).
Esto último no vale para todos los juegos
En pc creo que hay más modos.
Integer scaling.
Sube o baja el tamaño siempre x2, x3 si es posible.
Es como mejor se respeta al original pero hay franjas negras normalmente. Hay que desmarcarlo para personalizar el tamaño sin límites.
Overscan
Los juegos tienen algo más del tamaño visible por decirlo así. A veces eran franjas negras.
Crop overscan, all borders quita todos.
Si sigue habiendo bordes es cosa del juego.
No sé en duckstation, pero en retroarch sí que tengo algún juego donde he puesto a mano
la pantalla completa dejando fuera de la vista las franjas.
Ya que se puede mover y estirar la imagen a píxeles manualmente, y solo afectando a un juego.