Ya cada día los cables para video analógico son peores, los componentes más baratos y están menos probados o dándoles menos importancia, además de que se está perdiendo hasta el punto de que las gráficas modernas no tienen ya circuitos de video analógico y salidas para ello. El VGA en los pocos aparatos que aún lo tienen a día de hoy es por compatibilidad para los pocos que quedan usando una pantalla VGA.
Yo lo que te diría es que busques un conmutador que los habrá supongo para cambiar/seleccionar de dos DVI a uno, y dejes de usar el VGA, o probar con un conversor de HDMI o Displayport (según las salidas que tengas) a VGA que quizá no tenga los problemas de interferencias que te da la gráfica de dicho equipo en su salida analógica.