A mi me pasó algo parecido y no me quedó otra que reinstalarlos.
También se fueron al "limbo" los favoritos, y sin aviso, cerré el firefox, fui a comer y al volver lo abrí y ni marcadores ni complementos.
Por más que busqué por los foros, no encontré solución, ni en la propia web de mozilla, asique, ahora, complemento interesante que encuentro, lo instalo, pruebo y, si interesa, pongo su página en favoritos, y los favoritos con backup diario con foxmarks y semanal con el firefox.