He tenido el mismo problema con un disco duro, después de intentar varias alternativas para poder formatearlo, tuve que recurrir a Linux, tenia en un pendrive una distro de Linux, le puse el hdd al portátil y arranque Linux desde el Usb, le di ha instalar Linux al HDD, y así lo reparé, luego finalmente lo formateé con Windows.
Puedes particionarlo simplemente desde Linux, sin necesidad de instalarlo. Aunque yo lo hice así por otros motivos.
Otra opción que he usado alguna vez, pero no siempre funciona, es darle formato como disco de Xbox 360 desde la propia consola, y después formatearlo desde Windows.
Un saludo y espero te sirva de ayuda.