Busca una buena app para chequeo de discos, más allá de la reparación de sectores de Windows, para comprobar la integridad del disco. Hd Tune, CrystalDiskinfo o alguna por el estilo, y comprueba que tienes físicamente en buenas condiciones el disco antes de seguir trasteando.
Y no escribas o borres nada del disco, por supuesto.
Es probable que se haya corrompido la estructura de carpetas. ¿Tenías algo más valioso que backups de Wii (fotos personales, otra clase de ficheros, etc)?