A ver, siempre que hayas soldado bien la placa para reconstruir el LPC, y que no está del todo bien hecha (todo hay que decirlo), sólo te hace falta en tu caso soldar el cable blanco que irá conectado al chip. El resto de cables de ese conector los puedes aislar mediante cinta aislante tal como hago yo en varias consolas que he instalado ese chip.
En principio el cable que sustituyes del conector del dvd sólo te haría falta en caso de que uses el adaptador sin soldaduras SmartXX Spider que no es tu caso, o bien si instaladas un LCD que tampoco es el tuyo. En cualquier caso, con o sin él no te afectaría. El cable corto que trae con 2 hilos, sólo es para usar con el adaptador sin soldaduras SmartXX Spider, con lo que no tienes que conectarlo tampoco. Y por último el Led que trae con cable negro y blanco es el transmisor de infrarrojos que lo puedes conectar si quieres aunque de momento aún no hay soporte, pero como ya te digo no hace falta para el correcto funcionamiento del chip.
En conclusión, sólo conectar el cable blanco que va de la placa reconstructora del LPC al chip.
Respecto al manual, el problema es que explica más cosas de la cuenta y es por eso que no lo entiendes bien, pero si estuvieras en el mundillo de la xbox ya sabrías que básicamente los chips utilizan el LPC y el D0 o LFrame (en caso de consolas 1.6).