El parche 2.0 para la versión PC del Metal Gear Solid 2 se supone que en un principio sólo era para resolver determinados problemas de compatibilidad con las tarjetas gráficas de la marca ATI, así que no creo que puedas resolver algo con este parche teniendo una 6600.
Yo lo jugué cuando tenía una GeForce 4 MX 400 y no tuve problemas de visualización, aunque eso si, las cinemáticas iban a totales trompicones. Lo único que se me ocurre recomendarte es, y si estás dispuesto, que instales una versión antigua de los drivers y pruebes a ver si así lo ves bien.
Y es verdad lo que dicen, el port es muy malo. El rendimiento es penoso y la adaptación del control al teclado peor aún. Tuve que jugar a este título con un mando cuando yo jamás había tenido ningun problema en jugar en PC con teclado y ratón a ningun juego.
En fin, espero que tengas suerte.
Saludos a todos.