He averiguado cuando ocurre este error.
Sucede cuando se intenta cargar un juego de GBA desde el modo nda (pulsando 2 veces el botón A). En realidad este sistema sirve para enlazar una rom de gba con una de NDS, pero el M3 no comprueba que la segunda rom que se escoge sea una de NDS, simplemente supone que lo es.
Este proceso de carga deja congada la consola. Al resetear el m3 intenta grabar la partida, pero como si se tratase de un juego de NDS, y claro, en el directorio de NDSSAVE no encuentra el ficehro adecuado y da este error.
La única forma de solucionar este problema es cargando cualquier juego de NDS. Mientras no se haga estoy sólo se usen roms de GBA el error persistirá y (no lo he comprobado)posiblemente no se graben las partidas.