Efectivamente la pista 0 es la mas importante, pero DE UNA PARTICION.
En lo que respecta al disco duro la mas importante (la "autentica" pista 0) es el master boot. Aqui es donde se almacena informacion sobre las caracteristicas fisicas del disco duro y de las distintas particiones que contiene. Parece que tu problema no esta en el Master boot, sino en la primera pista de la primera particion.
Como el problema te ha surgido al usar el FORMAT, es decir al intentar formatear una PARTICION, se puede intentar lo siguiente:
Usa FDISK, elimina todas las particiones y crea una particion primaria (C:) muy pequeña, con un poco de suerte aqui es donde estara la pista con errores, el resto del disco duro asignalo a la particion extendida y dentro de ella crea particiones logicas (D:, E: , F: ,...)
Ahora rearranca CON UN DISQUETE e intenta formatear D: , E: ,..., Es decir pasa de la particion C:, dala por perdida. Si consigues formatear las otras particiones podras usar ese disco duro como zona de datos
Necesitaras, eso si, un segundo disco duro que haga el papel de particion de arranque C:
Un saludo.