Si tienes la nand original de la consola por que no vuelves a crear la imagen del Freeboot con ella para flashearla a la consola, así ya te funcionaría el lector, o con lo de los programas que no la abrían te refieres que el Freboot te daba errores, pro que si es así seguramente se deba a que no estabas introduciendo la CPU key correcta de la consola, por que si dices que la extrajiste varias veces y siempre fueron idénticas no debería haber ningún problema con ella.
Y me parece que no hay ninguna utilidad que te permita importar a la Nand la DVD key así nada mas sus 16 dígitos.
Si tienes algún problema para crear la imagen del Freeboot me puedes mandar un MP para que te eche una mano para generartela.
PD: Ese 360 Flash Tool que estas usando no es el mas nuevo ya lo cheque, el enlace que te pase es el hilo oficial del programa.