Los problemas que más ha reportado la gente con respecto a los Joy-con es que se mueven solos los sticks, es decir, se mueve el personaje o la cámara en el juego que sin que le toques. Al parecer ha sido un problema bastante común pero no tiene por qué aparecer siempre. A mí me pasó con la mía y tenía muy poco uso.
En tu caso si el funcionamiento es correcto y no te impide jugar cómodamente yo no me preocuparía, disfruta de la consola.
Si en algún momento eso te supone un problema ponte en contacto con Nintendo y te lo solucionarán.