Eso mismo le pasa a mi novia, y te aseguro que es por el cambio de frecuencia de 50Hz a 60Hz.
Si quieres comprobarlo enciende la cube con el pso dentro y el boton B presionado, hasta que te aparezca una imagen que dice "desea poner el juego a 60Hz?", si dices que si ya veras como se te ve igual que el programa.
Lo que tienes que hacer es bajar un programa que soporte pal60, como por ejemplo el Dscaler, que ahora que lo dices creo que este y los basados en el son los unicos programas que pueden hacerlo.