Pues... tengo Ubuntu 9.04 con Gnome y Compiz... uno de ellos causa el fallo creo yo :S
La cosa es que cuando aparece una ventana sin titulo (se veria minimizada normalmente) si me situo sobre ella para siquiera ponerla al frente se me descoloca toda la pantalla quitandome lo llamado decoracion en Compiz (bordes de las ventanas, etc), apareciendo una franja negra que ocupa el 25% de la parte inferior de la pantalla, etc...
Me gustaria saber a que es debido.
Esas ventanas sin titulo son generadas a veces por el gestor de archivadores (compresor ese asqueroso ¬¬), emesene, etc...
El error sale al situarme sobre ellas, supongo que sera por que no tiene variable asociada al nombre y entonces se carga todo ¬¬, con emesene consegui solucionarlo poniendo nick asociado a usuarios problematicos y listo.