Eso es porque algunos juegos asocian letras a los botones del mando y eso no siempre se cumple en todos los mandos.
La solución más sencilla es buscar a ver si existe alguna opción de remapeado en el propio juego o si editando el archivo de configuraciones puedes remapear el mando manualmente (no siempre se puede).
Yo fui capaz de hacer esto una vez con un juego que no permitía remapeo y tiré de PPJoy y GlovePIE, pero hace falta scriptear un poco y ahora con Windows 7 x64 puedes tener hasta problemas con drivers...
