Te comento mi experiencia ya que he usado bastante el PCSX2 este año pasado.
El mismo juego, la misma bios, todo igual, con unas builds del PCSX2 me ha producido glitches gráficos y diferentes problemas y con otras no. Hasta que di con la versión que no me daba problemas me costó, v.1.7.4452, y llevo cuidado de no actualizarla nunca. Por lo menos para esos juegos ahí me he plantado.
O sea que es posible que el problema esté en la versión del emulador, que van tocando cosas bastante a menudo. La cuestión es dar con una build que te solucione el problema, en caso de que el problema sea ese, claro.
Yo el savestates no lo uso nunca, siempre guardo en la memory card. Como ya tienes el save puedes probar alguna otra versión anterior o la estable, a ver si dieras con la tecla.
Un saludo y suerte
