Gracias Vladi por la respuesta. Anoche encontré la solución, que quizás te sirva a tí también.
A pesar de ser orginal, magic gate compatible, y que su velocidad de lectura sea aceptable, parece que la memoria no se lleva muy bien con la PSP y el cwcheat.
Sin embargo las ISOs y vídeos iban sin problemas, durante todo los gigas de la memoria, incluido por encima de los 2 gigas.
Así que probé a formatear la tarjeta desde el PC en FAT 16 (estaba en FAT 32) que es lo que parece funciona con las que no son verdaderas, copié las carpetas desde el PC (previamente a formatear volqué todo su contenido) y volví a probar. Y funcionó, sin problemas. No lo entiendo, pero bueno, el caso es que funciona.